Comparando com o Windows, a organização dos diretórios do Linux é pouco mais complexa, porém você vai perceber que é a maneira correta conforme for lendo e entendendo.

ESTRUTURA DE DIRETÓRIOS DO LINUX
/ – Diretório raiz.
/bin – Diretório onde estão os arquivos executáveis e comandos essenciais do sistema.
/boot – Diretório onde estão os arquivos necessários para iniciar o sistema. Aqui é onde fica localizada a imagem do Kernel do Linux.
/dev – Diretório onde estão os arquivos de dispositivos do sistema, como discos, cd-roms, terminais etc.
/etc – Diretório onde estão localizados os arquivos de configuração do sistema.
/home – Diretório que geralmente é usado pelos usuários.
/lib – Diretório onde estão localizadas as bibliotecas essenciais ao sistema, utilizadas pelos programas em /bin e módulos do Kernel.
/mnt – Diretório vazio. Este diretório geralmente é utilizado para pontos de montagem de dispositivos.
/proc – Diretório que possui informações do Kernel e de processos.
/opt – Diretório onde estão localizados os aplicativos instalados que não venham com o Linux.
/root – Diretório do superusuários(root). Em algumas distribuições ele pode ou não estar presente.
/sbin – Diretório onde estão os arquivos essenciais do sistema, como aplicativos, utilitários para administração do sistema. Normalmente só o superusuário(root) tem acesso aos arquivos.
/tmp – Diretório de arquivos temporários.
/usr – Diretório de arquivos pertencentes aos usuários e a segunda maior hierarquia de diretórios no Linux.
/var – Diretório onde são guardadas informações variáveis ao sistema, como arquivos de logs etc…